Делаем, как взрослые, указываем номер версии программы

В перл номер версии хранится в глобальной переменной $VERSION, доступ к которой можно получить явно $ModuleName::VERSION, либо используя стандартный для всех модулей метод: ModuleName->VERSION.

Есть несколько способов нумерации модулей. Рассмотрим, два наиболее распространённых способов это АА.АА и АА.АА.АА версии, где А - это любое число.